「台南縣曾文溪口北岸黑面琵鷺動物保護區」也就是在地人口中的「保護區」、「黑面琵鷺保護區」、「主棲地」或「浮覆地」，與其東側的「台南縣曾文溪口野生動物重要棲息環境」或稱「東魚塭」，都是由曾文溪口北岸的「曾文海堤」和「曾文河堤」圍填河口濕地而成。
　　曾文海堤及河堤工程源於蔣故總統經國先生於1977年宣佈的12大建設之一「修建台灣西岸海堤工程及全島重要河堤工程計畫」，1984年由台南縣政府委託台灣省水利局執行，施工歷時3年於1987年完工，因堤防圈圍而產生的一千餘公頃海埔新生地，即是現今保護區和東魚塭的所在地。
　　1984年施工初期，台南鳥友郭忠誠先生便於施工計畫範圍內，看到了一群疑似黑面琵鷺的鳥群，但並未能確認。直至隔年（1985年）冬，與另一位鳥友郭東輝先生一同前往時，才確認牠們身為世界珍禽的身份，並於11月18日記錄了當年最大量的87隻。因曾文河海堤工程圈圍造成的浮覆地，從此成為黑面琵鷺每年必訪的全球最大度冬地。
　　然保護區的成立並非一蹴即成，曾文河海堤於1987年完工後，台南縣政府隨即提出「七股區域綜合開發計畫初步規劃」，欲將原開發為魚塭的海埔新生地變更為工業用地，主要開發案為燁隆集團之一貫作業大煉鋼廠，生態保育與經濟開發的長期角力於焉展開。1992年，「七股工業區環境影響評估報告書」第一次送環保署審查被退件，同年農委會公告黑面琵鷺為瀕臨絕種保育類野生動物。1993年環保署再度駁回「七股工業區環境影響評估報告書」，開發勢力於是轉移至七股潟湖之「濱南工業區開發計畫」，保育團體則持續督促政府劃設保護區。
　　終於，2002年10月14日，農委會公告曾文溪口北岸634公頃土地劃設為「台南縣曾文溪口野生動物重要棲息環境」，同年11月1日占地300公頃的「台南縣曾文溪口北岸黑面琵鷺動物保護區」亦公告劃定，爭論15年，生態保育終於獲得了暫時的勝利。

　保護區公告（資料來源：台南縣政府）

主 旨： 公告劃定「台南縣曾文溪口北岸黑面琵鷺保護區」，並自中華民國九十一年十一月一日起，按行政院農業委員會九十一年十月九日農林字第○九一○○三一九三六號函修正核定之「台南縣曾文溪口北岸黑面琵鷺保護區保育計畫書」實施各項管制事項。 依 據： 野生動物保育法第十條。 公告事項： 一、 保護區範圍面積：三○○公頃 二、 管制事項：如「台南縣曾文溪口北岸黑面琵鷺保護區保育計畫書」 為經營管理野生動植物保育之工程、設施。 黑面琵鷺度冬期間進入保護區攝影、錄影或搭蓋攝影帳棚。 各種開發、濫墾、濫建、濫伐、濫葬、採取土石或礦物及其他破壞保護區自然環境之行為。但在不破壞野生動物主要棲地及影響野生動物棲地情形下，主管機關得進行必要之保育維護及設置解說設施。 新設或改變整修各種建築物、堆積物、溝渠、池塘、林木及變更地面高低改變地形、地貌之工程。 不得任意野放或引進生物。 不得進入調查、記錄或採集動植物標本。 任意焚燒竹木花草，任意丟擲或傾倒垃圾及其他污染保護區環境之行為。 非法騷擾、虐待、獵捕、垂釣、宰殺野生動物、採取、買賣或陳列販賣野生動物及其產製品。 黑面琵鷺度冬期間(每年一月至四月及十月至十二月)，除公設解說亭、棧道、水防道路及指定許可範圍外，禁止人員、車輛或其他任何動力機械交通工具進入。 為避免野狗隨意侵入，並可經由水流引入魚群作為黑面琵鷺的食物來源，將於野生動物重要棲息地與保護區交接處及沿舊北堤與西南堤挖掘水道，並以土堤或種植紅樹林方式，做為隔離綠帶。 黑面琵鷺北返離開主棲地後，為增加其覓食環境，並且在不影響黑面琵鷺棲息原則下，將於主棲地內淤積區域內疏浚，改善棲地。 其他主管機關管制事項。 三、 其他補充事項： 學術研究及教學研究，須進入本區甚至採集野生動植物者，應先獲得主管機關許可。進入時應隨身攜帶許可文件及可供識別身分之證件以備查驗。 本區域內，於黑面琵鷺離開或北返之季節(每年五月至九月)，允許設籍於本地或實際從事生產作業之漁民，以不違背本計畫所載規劃內容管制使用規範下，進行既有漁業行為。（本既有漁業行為之認定，請公所與漁民協商後報縣府備查） 區域內水門使用除水利權責單位外，保護區主管機關於進行本保護區之經營管理時，若有需要得向水利權責單位申請並會同水利權責單位使用，其餘從水利權責單位之規定。