人為獵殺
1992及1995年分別傳出槍殺黑面琵鷺事件。
棲息地環境變遷
曾文溪漂砂量日漸減少,溪口淺沙地漸漸消失。
棲息地遭破壞
如因觀光需要建立廁所,而將污物排入溪口黑面琵鷺之棲息地等。
觀光壓力
於日間進行黑面琵鷺觀光活動,恰好是黑面琵鷺休息之時,黑面琵鷺不堪其擾,且輕航機等水上活動均威脅黑面琵鷺之生存空間。
食物來源
隨著全球黑面琵鷺族群量的日益增多,七股地區的黑面琵鷺數量也逐年增加,野外是否有足夠的食物供給是一個需要特別關注的問題。
疾病
2002年底至2003年初,七股爆發黑面琵鷺集體中毒事件,共造成73隻黑面琵鷺死亡,為近年最嚴重的單一死亡事件,死亡原因確認為肉毒桿菌C型毒素致病。