本會自1997年成立至今，一直持續不斷地從事各項研究調查工作，各項調查皆由志工共同完成，且大多數研究調查並未有資金贊助，而是出自於志工的無私付出，實為可貴。學會目前進行有多項長期與主題性研究調查，研究調查結果則由學會志工進行分析，並撰寫成各項學術專文公開發表，並於網站上公告，提供有興趣的民眾自由下載。另外，針對目前全球各地標放的一百餘隻黑面琵鷺標記個體，本會亦持續進行觀察和記錄，並與香港、大陸及韓國相關的黑面琵鷺研究單位及個人，進行資料的分享與共製，相關訊息可參閱標記黑面專區。
黑面琵鷺保護區內環文蛤之初勘
黑面琵鷺夜間棲地與行為之調查
2006冬季三寶調查通知
七股地區長期鳥類調查93年度結果報告 2004.8~2005.7
七股黑面琵鷺保護區魚類資源之調查
七股地區暨黑面琵鷺網站內容設計之初探－從ICDT電子商務策略模型觀點
地方社團解說服務績效與志工持續服務率分析 －以台南縣黑面琵鷺保育學會為例
2006年黑面琵鷺全球同步普查報告
台南縣黑面琵鷺保育學會解說志工解說評估
2005~2006台南地區黑面琵鷺普查結果
